Développement d’approches pour la concentration et la détection des virus entériques dans les aliments

Les norovirus (NoV) sont la cause la plus fréquente de gastroentérite virale dans le monde et le virus de l’hépatite A (HAV) continue de poser une menace internationale pour la santé. Ces virus peuvent contaminer une grande variété d’aliments comme les mollusques bivalves, les fruits (particulièrement les baies) et légumes. Contrairement aux échantillons cliniques souvent hautement contaminés, la quantité de virus dans les aliments est souvent très faible mais suffisante pour causer une infection. Il est donc impératif de prévoir une étape d’isolation et de concentration de ces virus à partir des matrices alimentaires pour pouvoir les détecter. Plusieurs approches ont été rapportées dans la littérature mais leur comparaison demeure limitée puisqu’elles sont testées sur des matrices alimentaires différentes et selon des protocoles et plateformes d’extraction et d’amplification variées. Quelle que soit l’approche choisie, le but ultime de cette étape est de séparer les virus de la matrice alimentaire, de les concentrer dans un petit volume et enfin d’éliminer les facteurs inhibiteurs pouvant affecter le test final. Malgré des efforts importants comme ceux résumés dans les procédures ISO 15216 par l’Organisation internationale de normalisation (ISO), le développement de méthodes robustes et rapides pour détecter la contamination virale dans les aliments demeure un défi. Bien que plusieurs améliorations aient été apportées aux procédures originales, ces méthodes demeurent fastidieuses et longues pour une utilisation de routine composée de plusieurs étapes successives et parfois déficientes en terme de spécificité et de simplicité. L’objectif général de ce projet est de développer des nouvelles approches pour la concentration et la détection des virus en vue d’un meilleur contrôle dans les aliments. Diverses approches d’isolement et de concentration seront développées à savoir une approche utilisant : 1) des aptamères; 2) des ligands; 3) des anticorps et 4) la pipette de concentration afin de récupérer les virus après lavage ou broyage d’aliments et par conséquent, d’optimiser les protocoles de détection moléculaire. Les objectifs spécifiques suivants seront poursuivis : 1) Développer des approches (aptamères, ligands et anticorps et la pipette de concentration) d’isolement et de concentration des virus entériques; 2) Évaluer la compatibilité des approches développées avec les trousses d’extraction d’ARN (NucliSENS® eGENE-UP®) et de détection (CEERAMTOOLS®) pour les NoV humain (GI et GII) et le HAV et 3) Valider le système concentration/détection avec différents échantillons d’aliments. L’approche concentration/détection développée et son transfert pourra alors être utilisée dans les différents laboratoires privés, industriels et gouvernementaux permettant même la mise en place de programmes de surveillance et par conséquent, de mieux contrôler et de prévenir des infections virales d’origine alimentaire.