Développement de nouvelles solutions microbiennes combinant biofertilisation et biocontrôle du chancre bactérien et des infections fongiques chez la tomate

Il y a près de 500 entreprises serricoles au Québec, dont la moitié dans le domaine de la production maraîchère. Ces serriculteurs québécois produisent principalement des tomates, ainsi que des concombres, des laitues, des poivrons, etc.

Les maladies infectieuses représentent un facteur limitant majeur en production maraîchère, entraînant de sérieuses réductions de rendement, ce qui conduit à de graves pertes économiques. La tomate, le légume le plus cultivé dans le monde, est la cible de nombreux agents infectieux. Parmi les maladies fongiques, on retrouve l'alternariose, la moisissure olive, la fusariose vasculaire, le mildiou, la moisissure grise, le blanc, l'anthracnose et la tache septorienne. Les maladies d'origine bactériennes les plus courantes affectant les tomates sont la tache bactérienne, la moucheture et le chancre bactérien.

Le chancre bactérien de la tomate, causé par le bactérie Clavibacter michiganensis, affecte la production de tomates partout à travers le monde. Cette maladie est l'une des plus importantes et destructrice, surtout lors de la production en serre de la tomate cultivée en sol ou en culture hydroponique. Ce phytopathogène est difficile à contrôler et des pertes de rendement de 20 à 85% en raison du chancre et du flétrissement sont possibles.

Au Québec, le marché des aliments biologiques connaît une croissance significative. L'agriculture dite « biologique » repose sur une combinaison de pratiques compatibles avec la protection de l'environnement, la santé, le bien-être des animaux et l'acceptabilité sociale. Elle exclue notamment le recours aux pesticides et aux engrais de synthèse.

Puisque des microorganismes colonisent les plantes et favorisent l'assimilation de pratiquement tous les éléments nutritifs par celles-ci, l'amendement de rhizobactéries appropriées peut favoriser une biofertilisation efficace, diminuant ainsi les besoins en engrais de synthèse. De plus, certains de ces microorganismes liés aux plantes peuvent exclure les phytopathogènes, et ainsi protéger les plantes contre des infections. L'utilisation de tels biopesticides et biofertilisants est de plus en plus populaire, et pas seulement en agriculture biologique.

L'objectif principal du projet est donc de développer des produits d'origine microbienne combinant biofertilisation et biocontrôle du chancre bactérien et des infections fongiques chez la tomate avec un mode d'action multiple, spécifique et efficace. Grâce à leurs modes d'action multiples et différents de ceux des fongicides chimiques conventionnels, les bactéries antagonistes peuvent offrir une solution efficace et alternative pour lutter contre les infections fongiques et bactériennes dans la culture serricole de la tomate biologique. Considérant que l'agriculture biologique est de plus en plus populaire afin de produire des aliments plus sains et respectueux de l'environnement, des approches biologiques de contrôle des phytopathogènes et de biofertilisation sont souhaitables. Notons finalement que cela rejoint parfaitement les objectifs du Plan d'agriculture durable 2020-2030 récemment annoncé par le ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec (MAPAQ).